Épisode : 1

Le nouveau vaisseau terrien, Dédale arrive pour défendre la cité contre les Wraiths. Mais la joie des atlantisiens est de courte durée lorsqu'ils apprennent qu'un plus vaste armada de vaisseaux wraiths est en route pour Atlantis. Les vaisseaux ruches commencent alors le siège d'Atlantis  en bombardant le bouclier de la cité. Sous un tel régime le bouclier cédera au bout de quelques jours. Le docteur Mc Kay décidé alors d'occulter la cité pour faire croire aux Wraiths qu'elle s'est auto détruite.

Épisode : 2

Le Dédale est infecté par un virus informatique de conception wraith. Le virus tente d'approcher le Dédale d'un Soleil afin que les radiations tuent tout son équipage, ce qui permettra aux Wraiths de récupérer le vaisseau et de récupérer la localisation de la Terre. Suite à de multiples tentatives infructueuses d'éradiquer le virus, l'équipe du Dédale découvre que le virus se cachait dans la mémoire d'un vaisseau X302 du Dédale.

Épisode : 3

Le Major Sheppard et son équipe tentent de localiser le Lieutenant Ford. Le problème c'est qu'ils vont se faire capturer par un indigène nommé Ronon Dex.

Épisode : 4

Un problème avec la technologie wraith provoque un échange de conscience entre un officier de la sécurité d'Atlantis et le Docteur McKay.

Épisode : 5

L'équipe Atlantis découvre un peuple qui ne subit pas les attaques des Wraiths parce qu'ils livrent leur prisonniers aux Wraiths. Le problème c'est que l'équipe du Major Sheppard s'est écrasée avec leur jumper dans l'une de ces prisons.

Épisode : 6

Le Docteur McKay met en danger les membres de l'expédition lorsqu'il essaie de perfectionner une technologie des Anciens qui anéantie une civilisation entière. Et Ronon Dex découvre qu'il n'est pas le seul survivant de son monde.

Épisode : 7

L'équipe du Major Sheppard découvre dans un village une jeune Wraith qui a été élevé par un humain. Cette jeune Wraith vit caché des autres villageois car elle a peur pour sa vie.

Épisode : 8

Le Colonel Sheppard commence à subir une transformation physique assez importante après avoir été exposé à un médicament anti wraith fabriqué par le Docteur Beckett.

Épisode : 9

L'équipe découvre un vaisseau des Anciens avec à son bord des Anciens toujours vivants.

Épisode : 10

L'équipe Atlantis localise enfin le Lieutenant Ford qui est à la tête d'un groupe d'hommes altérés par une enzyme wraith. Et le Lieutenant Ford demande l'aide du Colonel Sheppard afin de mener à bien une attaque suicide contre un vaisseau ruche wraith.

Épisode : 11

Le Colonel Sheppard se retrouve prisonnier des Wraiths alors qu'il suivait le Lieutenant Ford dans son attaque suicide contre un vaisseau ruche.

Épisode : 12

Le Colonel Sheppard se retrouve sur une planète où le temps passe plus vite que la normale et avec aucuns moyens de contacter son équipe ou de retourner sur Atlantis.

Épisode : 13

Quand une balise d'Atlantis se déclenche afin de prévenir de la présence d'un Wraith sur Atlantis, tout les soupçons se portent sur un nouveau venu de la Terre.

Épisode : 14

Épisode : 15

L'équipe du Colonel Sheppard découvre une civilisation qui a en sa possession une arme de défense des Anciens. Mais il se trouve que malgré lui, le Colonel Sheppard se retrouve au milieu d'une querelle d'héritiers qui se disputent le trône.

Épisode : 16

Un jeune Lieutenant amnésique fait une grave découverte sur lui même : il pense qu'il est un Wraith transformé par un médicament du Docteur Beckett. La base d'Atlantis avait un prisonnier wraith, et les travaux du Docteur Beckett sur un rétrovirus qui supprimerait tous les gênes wraiths d'un individu wraith qui redeviendrait humain, ont été testé sur le prisonnier wraith en question. Celui-ci comme prévu est devenu humain mais doit faire des injections de sérums régulièrement pour conserver son allure d'humain. Mais peu à peu le wraith dénommé Michael se rend compte de sa vraie nature et s'échappe d'Atlantis en se transformant peu à peu en wraith... et Michael recontacte ses frères et va sûrement leur dire qu'Atlantis n'est pas détruite...

Épisode : 17

Deux entités extraterrestres prennent le contrôle des corps de Sheppard et du Docteur Weir. Les entités dans les deux corps cherchent par tous les moyens à se détruire, créant ainsi beaucoup de dégâts dans Atlantis.

Épisode : 18

Les Génii se montrent de nouveau menaçant envers l'expédition d'Atlantis, ce qui rompt la trêve. Dans le même temps, un groupe de Génii affirme au Docteur Weir qu'ils projettent de faire un coup d'état à l'ordre génii établi. 

Épisode : 19

L'équipe du Colonel Sheppard arrive sur une planète, où un super volcan est entré en éruption et menace de détruire la civilisation locale. Mais la situation s'aggrave davantage quand la Porte des Etoiles est détruite durant l'évacuation des autochtones.