Épisode : 1 et  2

Une nouvelle équipe SG s’embarque sur une mission dangereuse dans une galaxie éloignée, où ils découvrent une ville perdue appelée Atlantis et un nouvel ennemi mortel, les Wraiths.

Épisode : 3

La base d’Atlantis est menacée quand l’équipe découvre qu’une entité étrangère est dans la ville. Et l’expérience de McKay avec une technologie des Anciens est assez défaillante.

Épisode : 4

Le Jumper de l'équipe d'Atlantis est "coincé" dans le vortex de la Porte des Etoiles qui ne peut rester ouverte que 38 minutes. Pour finir, le Major Sheppard est gravement blessé.

Épisode : 5

Après plusieurs rencontres avec les Wraiths, l'équipe suspecte que l'un de leurs amis Athosians pourrait être un espion.
 

Épisode : 6

L’équipe arrive sur une planète dont une partie du territoire est protégé par un bouclier énergétique. Mais le plus surprenant est que le doyen de cette population n'a pas plus de 24 ans. En effet, la population pense que pratiquer un acte de suicide avant son 25ème anniversaire empêche les Wraiths de venir les collecter.

Épisode : 7

L'équipe Atlantis, arrive dans un monde utilisé par les Wraiths comme garde manger. Mais l'équipe apprend que la population est sur le point de mettre un terme aux pratiques des Wraiths, en effet ils auraient trouver une solution qui les rendrait insensibles aux attaques des Wraiths.

Épisode : 8

L'équipe Atlantis arrive sur une planète habité par les Geniis. Il s'avère que ceux-ci sont assez favorable à une alliance contre les Wraiths. Mais l'équipe, découvrira peu à peu que sous cette bonne volonté, les Geniis cachent bien leur jeux.

Épisode : 9

Le docteur McKay affirme que ses recherches de sources d'énergie pour ouvrir un vortex avec la Terre sont sur le point d'aboutir. Mais peu à peu, l'espoir de l'équipe disparaît. Finalement, après maintes et mainte effort, un vortex est ouvert avec la Terre.

Épisode : 10

Une énorme tempête s'approche de la cité d'Atlantis, le docteur Weir ordonne l'évacuation. Mais celle-ci s'avère compromise lorsque la cité tombe entre des mains ennemies.

Épisode : 11

Alors la cité est prise en otage par des soldats, qui détiennent, les docteurs Weir et McKay. Le dernier espoir pour tous est le Major Sheppard qui a réussit à ce cacher dans la cité.

Épisode : 12

Le Major Sheppard et l’équipe Atlantis se rendent sur une planète où un vaisseau Wraith s'est écrasé. Bien vite, l'équipe apprend qu'il y a un survivant et qu'ils ne peuvent quitter cette planète.

Épisode : 13

Le docteur Weir déclare le mise en quarantaine de la ville d'Atlantis, lorsque plusieurs habitants meurent mystérieusement. On découvrira qu'il s'agit d'un virus mortel importé de la Porte des Etoiles.

Épisode : 14

L'équipe Atlantis arrive sur un monde tout bonnement paradisiaque. L'équipe pense que ce monde pourrait être une terre d'accueil pour des réfugiés. Mais les habitants de cette planète sont d'un avis différent, prétextant que leur Déesse s'opposera à leur projet.

Épisode : 15

Épisode : 16

L'équipe Atlantis et leur nouvel allié partent sur la planète Dagan afin de récupérer un E2PZ. Mais le nouvel allié pense récupérer le E2PZ en premier, car ils ont des projets dont ils ne veulent pas que l'équipe Atlantis en apprenne la nature.

Épisode : 17

Tous les habitants terriens de la cité d'Atlantis créent des messages vidéos pour leurs familles lorsque une opportunité de connexion de la Porte des Etoiles d'Atlantis avec la Terre est possible.

Épisode : 18

Teyla est en proie depuis plusieurs jours à de terribles cauchemar, où elle se remémore la période où son père et elle furent capturés par les Wraiths. Il s'avère que Teyla ressent la présence des Wraiths.

Épisode : 19

La cité d'Atlantis est en alerte lorsque plusieurs vaisseaux ruches Wraiths se dirigent vers Atlantis. Le major Sheppard propose de détruire la cité et de s'enfuir. Mais le docteur McKay affirme pouvoir activer la plateforme défensive spatiale des Anciens afin de se défendre.

Épisode : 20

Le Général O'Neill, commandant du SGC sur Terre envoie des renforts sur Atlantis afin que ceux-ci reprennent le contrôle de la cité et la défende contre l'attaque des Wraiths.