Le Major Sheppard est officier dans l’US Air Force. Il est le commandant de l’équipe principale d'exploration de Atlantis. Il voyagea jusqu’à la galaxie de Pégase avec l’expédition Atlantis sous le commandement du Docteur Elizabeth Weir.

Sheppard était assigné à la base McMurdo, probablement à cause de son mauvais dossier, et aimait bien la quiétude régnant en Antarctique. On lui ordonna de transporter le Général Jack O’Neill jusqu’à l’avant poste des Anciens en Antarctique afin d'évaluer la progression des recherches par l’équipe de recherche. Il y découvrit qu’il possède le rare gène qui permet d’interagir avec les technologies des Anciens, et que contrairement à la plupart des gens, son utilisation lui est très intuitive. Le Docteur Weir supplia le Général O’Neill de permettre à Sheppard de faire partit de l’expédition Atlantis, malgré son dossier terni par le fait qu’il avait désobéi aux ordres pour secourir deux camarades en Afghanistan.

Une fois arrivé dans la galaxie de Pégase, Sheppard fut envoyé en mission sur la planète Athos dans l’espoir de récupérer des ZPM pour alimenter la cité d’Atlantis qui était submergée. Il rencontre Teyla Emmagan, la chef des Athosiens, et ils eurent immédiatement de bonnes relations. Il découvrit l’existence des Wraiths, qui avaient autrefois vaincus les Anciens, et assista à un attaque des Wraiths qui eut comme résultat l’enlèvement de Teyla. Sheppard retourna sur Atlantis avec les Athosiens ayant survécus à l’attaque et organisa une périlleuse mission de secours. La mission réussie, mais Sheppard fut responsable du réveil de tous les Wraiths lorsqu’il tua la Gardienne Wraith..

Suite à son exploit d'avoir sauvé la cité à la fin de la saison 1, il est promu Colonel.